No início do Século XX, a França atraía muitos brasileiros, que iam para lá atrás de estudos ou de sua intensa vida cultural. São Paulo começava a experimentar um grande crescimento, graças aos recursos provenientes da cafeicultura. O Prof. Levasseur, administrador do Collège de France, e o Prof. Appell, da Faculdade de Ciências da Universidade de Paris, entendiam que os laços de amizade, as afinidades racial e linguística e a semelhança de orientação cultural eram motivos suficientes para construir um centro cultural em São Paulo. Nessa época, foi criada na Sorbonne a cadeira de Estudos Brasileiros, que proporcionou um intercâmbio permanente entre intelectuais franceses e brasileiros.

Em 1908, o renomado médico e psicólogo francês Georges Dumas veio em missão cultural e estabeleceu, junto com Charles Richet, os primeiros contatos para criar aqui um liceu franco-brasileiro. Entre seus interlocutores, estavam grandes expressões da cultura paulista e brasileira. Carlos Botelho e Bittencourt Rodrigues, a que se uniram Víctor da Silva Freire e Ramos de Azevedo, Frederico Steidel, Ruy de Paula Souza, Alfredo Pujol, Américo Brasiliense, Augusto Carlos da Silva Telles, Cyridião Buarque, José Carlos de Macedo Soares, José Frederico de Borba, Oscar de Sá Campello, Reynaldo Porchat, Júlio Mesquita e João Alves de Lima. A eclosão da I Guerra Mundial adiou o sonho da nova escola por alguns anos. No dia 17 de maio de 1923, foi criado oficialmente o Lyceu Franco-Brasileiro "S. Paulo".

Por força de legislação federal de 1938, o estabelecimento recebeu o nome de Liceu Pasteur em 1941, mas manteve a missão inspirada por seus criadores do início do século passado, fiel ao princípio de que educar é formar o caráter e, ao mesmo tempo, proporcionar ampliação de conhecimentos, preenchendo as aspirações de cada estudante em ambiente de respeito e segurança e adotando procedimentos que visam à redução e eliminação de defasagens individuais e grupais, nos quais são consideradas as fases adequadas da vida das crianças e dos jovens e é valorizada a pedagogia diferenciada.

Paralelamente ao ensino regular, o Liceu Pasteur oferecia, desde a sua fase inicial, educação básica em língua francesa a crianças, adolescentes e jovens. Nos anos 1950 e 1960, São Paulo era uma das cidades que cresciam mais rapidamente no mundo, e muitas empresas francesas se instalaram aqui. Quando ficou claro que um grande número de famílias francesas permaneceria no Brasil, chegou-se à conclusão de que era preciso criar uma nova estrutura que atendesse melhor às suas necessidades, fazendo com que o Liceu submetesse ao Conselho Federal de Educação um projeto pioneiro de Ensino Experimental Bilíngue no Brasil, o primeiro a ser oficialmente reconhecido e validado pelas autoridades brasileiras. A aprovação desse projeto permitiu a criação dos Cursos Experimental Bilígue e Complementar Especial em Língua Francesa, ambos estabelecidos na Casa Santos Dumont, na Rua Vergueiro, 3799, ao mesmo tempo em que abriu um caminho que seria seguido por centenas de escolas brasileiras. Graças a uma convenção firmada entre a Fundação Liceu Pasteur e a Agência para o Ensino Francês no Exterior (AEFE) do Governo da França, esses cursos passaram a fazer parte de uma rede de centenas de escolas espalhadas pelo mundo que traz a seus alunos toda a qualidade do ensino público francês, preparando seus alunos para o Baccalauréat (exame de qualificação francês para o ingresso no ensino superior). Em novembro de 2011, o Conselho Estadual de Educação aprovou novo regimento e oficializou a criação da Unidade Vergueiro do Liceu Pasteur, jurisdicionada à Diretoria de Ensino Centro-Sul.

Em 2017, a Fundação Liceu Pasteur deu início ao projeto “Grand Lycée Pasteur”, com o objetivo de aprofundar o plurilinguismo nos seus cursos. O projeto previa a implantação gradativa do Curso Homologado Francês para todos os alunos da Educação Infantil e do Ensino Fundamental. No Ensino Médio, além do Curso Homologado Francês, foi criado o Ensino Médio Trilingue, com aulas em Português, Francês e Inglês e preparação específica para o ENEM e vestibulares brasileiros.

A pandemia da COVID-19 trouxe novos desafios que levaram à criação de uma nova instituição, a Fundação Liceu Internacional Francês de São Paulo, uma escola internacional instalada na Casa Santos Dumont que passou a se ocupar integralmente do Curso Homologado Francês. A partir de 2025 o Curso Trilíngue passou a ser oferecido para toda a Educação Básica na Rua Mairinque pelo Liceu Pasteur Start Anglo Trilingual School, uma parceria entre a Fundação Liceu Pasteur e a Somos Educação, a principal fornecedora de sistemas de ensino no Brasil e que já fornecia o material didático do Sistema Anglo de Ensino para o Liceu Pasteur havia 15 anos. Nesse novo modelo, a gestão do ensino é feita pela Somos Educação e o Liceu Pasteur Start Anglo Trilingual School tornou-se escola-conceito da proposta do Start Anglo Bilingual School, acrescida de um tempero muito especial - a língua e a cultura francesa.